Согласно преданию, Иисус Христос, будучи распятым на кресте, поручил своему самому любимому ученику Иоанну присматривать за своей матерью.
Иоанну выпала миссия проповедовать христианство в Малой Азии. Так он попал в окрестности Эфеса. На месте, где он обосновался, была выстроена маленькая церковь. Позднее, при императоре Юстиниане в 6 веке, когда христианство уже считалось государственной религией, на месте церкви началось строительство огромной базилики Иоанна Богослова. В строительстве использовались блоки, колоны и мраморные плиты из храма Артемиды, находящегося неподалеку.
Базилика Иоанна Богослова считалась второй по величине постройкой христианского мира после
собора Святой Софии в Константинополе и привлекала огромное количество паломников. Позднее в 11 веке сельджуки повторили с базиликой тоже самое, что было сделано с храмом Артемиды – разобрали на строительный материал и построили мечеть Иса-Бея, которая находится в 100 метрах южнее базилики и является действующей.